CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU
3.2. Kết quả phân tích đa hình kiểu gen TP53
3.2.3. Xác định một số SNP không có vị trí cắt enzym giới hạn
Bảng 3.8: Độ tuổi trung bình của bệnh nhân ung thư phổi mang các kiểu gen TP53 SNP R72P (năm)
Đặc điểm Độ tuổi trung bình
(Mean ± SD) p
Kiểu gen TP53-R72P
GG 60,87 ± 8,700
0,538
GC 60,34 ± 9,588
CC 59,55 ± 9,795
Nhận xét:
Tuổi trung bình của các nhóm bệnh nhân mang 3 kiểu gen tại SNP R72P gen TP53: kiểu gen CC có tuổi trung bình thấp nhất tuy nhiên sự khác biệt không có ý nghĩa thống kê.
Nhận xét:
Hình 3.8 cho thấy: sản phẩm PCR của exon 4 gen TP53 chỉ gồm một băng duy nhất, rõ nét, không có các băng phụ, kích thước 511bp so trên thang DNA chuẩn.
Hình ảnh kết quả giải trình tự exon 4 xác định kiểu gen của các SNPs tại các vị trí codon 34, 36, 47.
Hình 3.9: Hình ảnh kết quả giải trình tự exon 4 gen TP53
mang SNP: P34P, P36P, P47S tương ứng với các kiểu gen C/C, G/G, C/C.
Nhận xét:
Hình 3.9 cho thấy:
- Sản phẩm giải trình tự rõ nét, các đỉnh màu tương ứng với các nucleotid rõ ràng và không có tín hiệu nhiễu. Khi so sánh với trình tự gen TP53 trên GeneBank cho thấy các tại các codon này không có sự thay thế nucleotid của các bộ 3 mã hóa.
- Kết quả tương tự khi phân tích ở nhóm ung thư phổi và nhóm chứng.
Tỷ lệ kiểu gen của một số SNP không có vị trí cắt enzym giới hạn 34 (CCC → CCA), 36 (CCG → CCT), 47(CCG → CTG).
Bảng 3.9: Tỷ lệ kiểu gen của một số SNP không có vị trí cắt enzym giới hạn P34P (CCC → CCA), P36P (CCG → CCT), P47S (CCG → CTG)
Kiểu gen Nhóm bệnh Nhóm chứng
n % n %
P34P(C/C) 220 100 230 100
P36P (G/G) 220 100 230 100
P47S (C/C) 220 100 230 100
Nhận xét:
Tất cả các mẫu nghiên cứu đều mang cùng một kiểu gen tại các vị trí codon 34, 36 và 47 của gen TP53.
3.2.3.2. SNP G360A gen TP53
Hình ảnh điện di sản phẩm khuếch đại exon 10 mang SNP G360A gen TP53.
Đoạn gen chứa SNP G360A được khuếch đại bằng phản ứng PCR với cặp mồi đặc hiệu, sản phẩm PCR được điện di trên gel agarose 1%.
Hình 3.10: Hình ảnh điện di sản phẩm PCR exon 10 gen TP53 chứa SNP G360A trên gel agarose 1,5%
M: thang chuẩn 100bp (-): chứng âm.
Mẫu K157÷K161, C102÷C105: Exon 10 gen TP53 được khuếch đại.
Nhận xét:
Sản phẩm PCR của exon 10 gen TP53 chỉ gồm một băng duy nhất, rõ nét, không có các băng phụ, kích thước 433bp so trên thang DNA chuẩn. Như
433bp
vậy, sản phẩm PCR thu được là đặc hiệu, đảm bảo cho kỹ thuật giải trình tự gen tiếp theo để xác định tính đa hình codon 360 trên gen TP53.
Hình ảnh kết quả giải trình tự exon 10 xác định SNP G360A gen TP53
Hình 3.11: Kết quả giải trình tự exon 10 xác định kiểu gen tại SNP G360A gen TP53
Nhận xét:
- Hình 3.11 cho thấy: Sản phẩm giải trình tự rõ nét, các đỉnh màu tương ứng với các nucleotid rõ ràng và không có tín hiệu nhiễu. Khi so sánh với trình tự gen TP53 trên GeneBank cho thấy các tại codon này không có sự thay thế nucleotid G thành C ở vị trí nucleotid thứ 2 của bộ 3 mã hóa.
- Kết quả tương tự khi phân tích ở nhóm ung thư phổi và nhóm chứng.
Tỷ lệ các kiểu gen tại SNP G360A gen TP53(GGGGCG)
Bảng 3.10: Tần số các kiểu gen tại codon 360 gen TP53
Kiểu gen Nhóm bệnh (n=220) Nhóm chứng (n=230)
n % n %
Alen G 440 100 460 100
Alen C 0 0 0 0
GG 220 100 230 100
GC 0 0 0 0
CC 0 0 0 0
Nhận xét: Tất cả các mẫu nghiên cứu đều mang cùng 1 kiểu gen GG.
3.2.3.3. Đa hình kiểu gen tại SNP V217M (GTG → ATG)
Hình ảnh điện di sản phẩm khuếch đại exon 6 mang SNP V217M gen TP53
Đoạn gen chứa SNP V217M được khuếch đại bằng phản ứng PCR với cặp mồi đặc hiệu, sản phẩm PCR được điện di trên gel agarose 1,5%.
181 bp
Hình 3.12: Hình ảnh điện di sản phẩm PCR exon 6 gen TP53 chứa SNP V217M trên gel agarose 2%
M: thang chuẩn 100bp; (-): chứng âm
Mẫu K22÷K26, C10÷C14: Exon 6 gen TP53 được khuếch đại Nhận xét:
Sản phẩm PCR của exon 6 gen TP53 chỉ gồm một băng duy nhất, rõ nét, không có các băng phụ, kích thước 181bp so trên thang DNA chuẩn. Như vậy, sản phẩm PCR thu được là đặc hiệu, đảm bảo cho kỹ thuật giải trình tự gen tiếp theo để xác định tính đa hình codon 217 trên gen TP53.
Hình ảnh kết quả giải trình tự exon 6 xác định SNP V217M gen TP53
Hình 3.13: Kết quả giải trình tự exon 6 xác định kiểu gen tại SNP V217M gen TP53
Nhận xét:
Hình 3.13 cho thấy:
- Sản phẩm giải trình tự rõ nét, các đỉnh màu tương ứng với các nucleotid rõ ràng và không có tín hiệu nhiễu. Khi so sánh với trình tự gen TP53 trên GeneBank cho thấy các tại codon này không có sự thay thế nucleotid G thành A ở vị trí nucleotid thứ nhất của bộ 3 mã hóa.
- Kết quả tương tự khi phân tích ở nhóm ung thư phổi và nhóm chứng.
Tỷ lệ các kiểu gen tại SNP V217M gen TP53 (GTGATG) Bảng 3.11: Tỷ lệ các kiểu gen tại codon 217 gen TP53
Kiểu gen Nhóm bệnh (n=220) Nhóm chứng (n=230)
n % n %
Alen G 440 100 460 100
Alen A 0 0 0 0
GG 220 100 230 100
GA 0 0 0 0
AA 0 0 0 0
Nhận xét: Tất cả các mẫu nghiên cứu đều mang cùng 1 kiểu gen GG.